По-моему, все не так плохо, просто времени прошло мало. Они не дерутся, понемногу привыкают, но Мурке похоже так и ходить в подчиненных, раз она сама пасует.
http://ru-cats.livejournal.com/2887727.html
http://www.budka-omsk.ru/info/kak_podruzhit__dvuh_koshek_ili_kotov.html
Рассадить по разным помещениям, как я понимаю, физически невозможно, но тут есть немного советов по наказаниям-поощрениям.
Когда я первый раз вводила нового кота в дом, по моей неопытности все началось с дикой драки. Дружбы не получилось, но привыкли, ели рядом, в остальное время игнорировали друг друга.